Fakultas Pertanian merupakan penentu berdirinya Universitas Wiraraja pada tahun 1986, dan merupakan persyaratan utama (eksakta) untuk mendirikan Universitas dengan satu program studi yaitu program studi Sosial Ekonomi dan berganti PS S1 Agribisnis tahun 1996. Fakultas pertanian berperan aktif dalam pengembangan ilmu pengetahuan dibidang pertanian khususnya pertanian wilayah pesisir dan lahan kering. Dalam upaya peningkatan kualitas Fakultas Pertanian, dituntut untuk selalu meningkatkan kualitas proses pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat. Dimasa yang akan datang, mampu mensejajarkan dengan fakultas terkemuka di Jawa Timur dalam dalam hal mutu tri dharma pendidikan sehingga dapat mengangkat harkat dan martabat bangsa indonesia.
Pada tahun 2016, Fakultas Pertanian Universitas Wiraraja mengusulkan Program Studi baru yaitu Program Studi Teknologi Hasil Pertanian dan mendapat persetujuan Senat Perguruan Tinggi. Hal ini tertuang melalui surat Nomor: 05/SENAT/UNIJA/I/2016 tanggal 25 Januari 2016. Usulan Program Studi baru ini juga mendapat persetujuan Yayasan sesuai dengan surat Nomor: 73/YAW/II/2016 tanggal 24 Februari 2016. Usulan pembukaan prodi THP ini pada dasarnya telah direncanakan pada tahun 2014, yang tertuang dalam Rencana Strategis Universitas Wiraraja Tahun 2014, untuk menjadi salah satu program studi di Fakultas Pertanian. Menindak lanjuti hal tersebut fakultas pertanian membentuk Tim Pengajuan pembukaan program studi baru, yang tertuang dalam Surat Dekan Fakultas Pertanian Nomor 12/SK/PS2/FP/UNIJA/II/2016.